Flora mikrobiologiczna pochwy – zespół mikroorganizmów naturalnie bytujących w pochwie kobiety. W prawidłowej florze pochwy dominują różne szczepy pałeczek kwasu mlekowego. Mogą tam znajdować się także grzyby (drożdżaki) czy bakterie potencjalnie patogenne, które u zdrowej osoby nie wywołują chorób jednak pod wpływem antybiotykoterapii, obniżonej odporności czy zmian hormonalnych mogą nadmiernie się namnożyć i wywołać chorobę.
Na florę bakteryjną pochwy u zdrowej kobiety w przeważającej ilości składają się bakterie z rodziny lactobacillus – pałeczki Döderleina. Podczas przemiany materii bakterii wydziela się kwas mlekowy, co sprawia, że środowisko pochwy zakwasza się poniżej poziomu 4,5pH. Kwaśna flora fizjologiczna pochwy stanowi naturalną ochronę przed bakteriami chorobotwórczymi oraz wzmaga miejscowo odporność na infekcje i zakażenia. Pałeczki kwasu mlekowego tworzą również bakteriocyny – substancje białkowe, zdolne do hamowania i likwidowania organizmów im pokrewnych. Bakteriocyny również pełnią rolę ochronną w środowisku pochwy.
Pozostająca w stanie równowagi flora saprofityczna pochwy zawiera również niewielką ilość bakterii chorobotwórczych. Stanowią one zaledwie 1% całości flory. Można wśród nich wyróżnić między innymi streptokoki, enterokoki, bakterie kałowe i drożdżaki, bytujące w dolnej części układu rodnego. W prawidłowych warunkach nie wywołują one żadnych objawów chorobotwórczych, ponieważ stężenie kwasu mlekowego zapobiega zbytniemu namnażaniu. Rozwojowi chorobotwórczych bakterii może sprzyjać sytuacja, w której flora pochwy zostanie zachwiana. W sytuacji, kiedy stężenie kwasu mlekowego spada, istnieje niebezpieczeństwo uaktywnienia się drobnoustrojów chorobotwórczych. Zachwianie równowagi i zmiana odczynu następują między innymi podczas kuracji antybiotykowej, polegającej na anihilacji mikroorganizmów bytujących w organizmie człowieka. Aby zapobiec powikłaniom po kuracji antybiotykowej, środowisko pochwy należy zakwaszać, na przykład za pomocą specjalnych globulek.
Flora mikrobiologiczna pochwy zostaje zachwiana nie tylko podczas stosowania leków, ale również na skutek palenia papierosów i spożywania alkoholu. Także zmiany hormonalne, będące wynikiem starzenia się organizmu, ciąży lub przebytego porodu wzmagają ryzyko uaktywnienia się chorób wywoływanych przez streptokoki lub drożdżaki. Stąd np. częste w okresie ciąży infekcje grzybicze. Równowagę biologiczną i odczyn w pochwie można też zachwiać przez zbyt inwazyjne sposoby utrzymania higieny – zbyt częste irygacje, albo stosowanie mydła o silnym zasadowym odczynie.